Questo aspetto può sembrare marginale ed intuitivo, ma se si ha presente il notevole dispendio di tempo e di risorse che comporta la gestione di documenti scientifici, si capisce come sia utile avere uno strumento per mettere ordine. D’altra parte, se si conserva un documento è solo per poterlo ritrovare, per rileggerlo o per citarlo.

Si può creare un archivio in semplice formato word o con un sofisticato programma commerciale di gestione bibliografica: l'importante è che sia chiaro che cosa si vuole ottenere e che i criteri di archiviazione siano applicati in maniera omogenea. E' fondamentale quindi indicizzare le referenze in maniera accurata, prevedendo tutti i possibili sinonimi tra le parole chiave. Il vantaggio di un prodotto commerciale, o di un database costruito su misura, è che molte delle funzioni di archiviazione e indicizzazione sono facilitate e viene reso più difficile introdurre errori sistematici. Con questi prodotti è possibile operare delle correzioni sistematiche su tutto l'archivio e quindi correggere nel tempo, a seconda delle esigenze che via via si possono presentare. La funzione di ricerca è particolarmente importante e facilitata dalla possibilità di incrociare più parametri, per mezzo degli operatori "and", "or" e "not".

L'archivio può essere aggiornato manualmente, inserendo scheda per scheda nuove referenze, oppure automaticamente, importando le referenze da un database sul quale si sia effettuata una ricerca, per esempio da Medline. Il risparmio di tempo che questi programmi consentono è notevole, ma non è da sottovalutare comunque l'impegno richiesto per tenere aggiornato il proprio archivio, condizione necessaria perché non muoia.

Il vantaggio, complementare a quello di archiviazione, offerto dai software commerciali è quello di produrre bibliografie per le pubblicazioni senza dover riscrivere le singole referenze, semplicemente selezionandole dal proprio archivio. Inoltre, in genere di questi software esiste la versione network che permette a più utenti di condividere gli archivi.

Prima di decidere di acquisire uno di questi prodotti commerciali, si consiglia di provare la versione demo, per verificarne la facilità d'uso rispetto alle proprie esigenze. Molti di questi prodotti sono largamente intercambiabili o compatibili, nessuno, tuttavia, può garantire la sistematicità dell'indicizzazione delle referenze, punto cruciale dell'archiviazione. Per un confronto tra i più noti (EndNote, Reference Manager e ProCite) vedi il sito dell'Institute for Scientific Information (ISI).
Mi preme tuttavia ribadire che il concetto di archiviazione è indipendente dal mezzo usato per ottenerla: personalmente, per esempio, ho gestito per anni un archivio di migliaia di referenze nel campo della Health Services Research con un comunissimo Word (primi anni '90) o addirittura un editor su sistemi mainframe (Digital VAX, metà anni '80), e ritrovavo (e facevo ritrovare) tutto, usando un banale "cerca". Questo perchè mi era chiaro quello che ci avevo messo, e come lo avevo fatto. In altre parole, se anche deciderete di acquistare un software commerciale sofisticato come uno dei tre sopra citati, se vi inserirete dati sporchi, sporchi li ritirerete fuori, magari ben confezionati e con molti effetti speciali, ma sempre sporchi rimarranno!