Sorveglianza genomica del virus SARS-CoV-2 e delle sue varianti di interesse in sanità pubblica in Italia
L’Istituto Superiore di Sanità (ISS) coordina una rete di laboratori attivi in tutte le Regioni/ Province Autonome (PPAA) per raccogliere le sequenze genetiche di SARS-CoV-2 in un’unica piattaforma nazionale denominata ITALIAN-COVID-19-GENOMIC (I-Co-Gen). La piattaforma è a disposizione dei laboratori accreditati in ogni Regione/PA per la raccolta, l’analisi e la condivisione dei dati di caratterizzazione genomica di SARS-CoV-2 a livello regionale e nazionale. La struttura del database è articolata in progetti regionali che costituiscono depositi di dati per ciascuna Regione/PA. La piattaforma accetta dati di sequenziamento genomico e dati di sequenziamento del gene codificante la proteina Spike, esegue analisi automatiche, restituisce i risultati all’utente e contestualmente riversa gli stessi in un archivio nazionale dotato di un sistema di allerta automatico che si attiva al momento dell’identificazione di varianti di interesse per la sanità pubblica o di nuove varianti. I-Co-Gen è collegata con la piattaforma di condivisione internazionale GISAID, che si pone l’obiettivo di fornire un accesso rapido e aperto ai dati sui virus epidemici e pandemici.
L’attività di sequenziamento è regolata da documenti condivisi con le Regioni/PPAA, e il Ministero della Salute, che sono stati via via aggiornati in relazione alla situazione epidemiologica.
- Consulta il documento “Strategie di sequenziamento per l’identificazione delle varianti di SARS-CoV-2 ed il monitoraggio della loro circolazione in Italia – indicazioni ad interim”, allegato alla Circolare del Ministero della Salute n. 0014186 del 05/05/2023
In breve il monitoraggio delle varianti virali si avvale di due flussi di dati che confluiscono entrambi nella piattaforma I-Co-Gen. Informazioni sulle varianti circolanti sono anche raccolte nella piattaforma della Sorveglianza Integrata COVID-19.
I flussi dei dati di sequenziamento sono i seguenti:
1) Le indagini rapide, effettuate periodicamente con l’obiettivo di stimare la prevalenza delle varianti del virus SARS-CoV-2 circolanti nel Paese. Queste indagini sono coordinate dall’ISS, in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Province Autonome e la Fondazione Bruno Kessler. Le indagini finora effettuate hanno visto la partecipazione di numerosi laboratori distribuiti nella maggior parte delle aree del Paese e permettono di seguire con precisione la prevalenza relativa dei lignaggi principali, sotto-lignaggi e lignaggi ricombinanti via via emergenti.
- Consulta i report delle indagini rapide per la stima della prevalenza delle varianti del virus SARS-CoV-2.
2) Raccolta settimanale delle sequenze da campioni positivi al SARS-CoV-2 e depositate sulla piattaforma I-Co-Gen. Questa raccolta, in relazione alla Circolare del Ministero della Salute n. 0014186 del 05/05/2023 risulta focalizzata su campioni di provenienza ospedaliera.
I dati sulle principali varianti di SARS-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica circolanti in Italia sono integrati con i dati individuali dei casi COVID-19 nell’ambito della Sorveglianza Integrata coordinata dall’ISS.
- Consulta i dati dalla Sorveglianza integrata
La lista delle varianti di SARS-CoV-2 sotto sorveglianza viene continuamente aggiornata man mano che vengono riconosciute nuove varianti virali di interesse.
Da maggio 2021 ad aprile 2023 sono stati prodotti 31 rapporti periodici, integrando i dati microbiologici ed epidemiologici e restituendo la distribuzione nel tempo e nello spazio delle varianti di SARS-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica circolanti in Italia.
- Consulta l’archivio dedicato ai Rapporti periodici.
- Il sito ITALIAN-COVID19-GENOMIC
- La piattaforma genomica di condivisione internazionale GISAID
- La pagina dell’ECDC dedicata a SARS-CoV-2 variants of concern
- La pagina del WHO dedicata a Tracking SARS-CoV-2 variants