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Istituto Superiore di Sanità
EpiCentro - L'epidemiologia per la sanità pubblica
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Sorveglianza genomica del virus SARS-CoV-2 e delle sue varianti di interesse in sanità pubblica in Italia

L’Istituto Superiore di Sanità (ISS) coordina una rete di laboratori attivi in tutte le Regioni/ Province Autonome (PPAA) per raccogliere le sequenze genetiche di SARS-CoV-2 in un’unica piattaforma nazionale denominata ITALIAN-COVID-19-GENOMIC (I-Co-Gen). La piattaforma è a disposizione dei laboratori accreditati in ogni Regione/PA per la raccolta, l’analisi e la condivisione dei dati di caratterizzazione genomica di SARS-CoV-2 a livello regionale e nazionale. La struttura del database è articolata in progetti regionali che costituiscono depositi di dati per ciascuna Regione/PA. La piattaforma accetta dati di sequenziamento genomico e dati di sequenziamento del gene codificante la proteina Spike, esegue analisi automatiche, restituisce i risultati all’utente e contestualmente riversa gli stessi in un archivio nazionale dotato di un sistema di allerta automatico che si attiva al momento dell’identificazione di varianti di interesse per la sanità pubblica o di nuove varianti. I-Co-Gen è collegata con la piattaforma di condivisione internazionale GISAID, che si pone l’obiettivo di fornire un accesso rapido e aperto ai dati sui virus epidemici e pandemici.

 

L’attività di sequenziamento è regolata da documenti condivisi con le Regioni/PPAA, e il Ministero della Salute, che sono stati via via aggiornati in relazione alla situazione epidemiologica.

In breve il monitoraggio delle varianti virali si avvale di due flussi di dati che confluiscono entrambi nella piattaforma I-Co-Gen. Informazioni sulle varianti circolanti sono anche raccolte nella piattaforma della Sorveglianza Integrata COVID-19.

 

I flussi dei dati di sequenziamento sono i seguenti:

 

1) Le indagini rapide, effettuate periodicamente con l’obiettivo di stimare la prevalenza delle varianti del virus SARS-CoV-2 circolanti nel Paese. Queste indagini sono coordinate dall’ISS, in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Province Autonome e la Fondazione Bruno Kessler. Le indagini finora effettuate hanno visto la partecipazione di numerosi laboratori distribuiti nella maggior parte delle aree del Paese e permettono di seguire con precisione la prevalenza relativa dei lignaggi principali, sotto-lignaggi e lignaggi ricombinanti via via emergenti.

2) Raccolta settimanale delle sequenze da campioni positivi al SARS-CoV-2 e depositate sulla piattaforma I-Co-Gen. Questa raccolta, in relazione alla Circolare del Ministero della Salute n. 0014186 del 05/05/2023 risulta focalizzata su campioni di provenienza ospedaliera.

 

I dati sulle principali varianti di SARS-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica circolanti in Italia sono integrati con i dati individuali dei casi COVID-19 nell’ambito della Sorveglianza Integrata coordinata dall’ISS.

La lista delle varianti di SARS-CoV-2 sotto sorveglianza viene continuamente aggiornata man mano che vengono riconosciute nuove varianti virali di interesse.

 

Da maggio 2021 ad aprile 2023 sono stati prodotti 31 rapporti periodici, integrando i dati microbiologici ed epidemiologici e restituendo la distribuzione nel tempo e nello spazio delle varianti di SARS-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica circolanti in Italia.

Risorse utili

 

Data di ultimo aggiornamento: .2 agosto 2023

Data di creazione della pagina:. 29 luglio 2021

Testo a cura di: Paola Stefanelli, Luigina Ambrosio, Angela Di Martino, Flavia Riccardo, Daniele Petrone, Antonino Bella, Patrizio Pezzotti, Anna Teresa Palamara, Dip Malattie Infettive, Istituto Superiore di Sanità.