ISS
L'epidemiologia per la sanità pubblica
Istituto Superiore di Sanità
Epidemiologia per la sanità pubblica - ISS


Monitoraggio delle varianti del virus SARS-CoV-2 di interesse in sanità pubblica in Italia

Rapporti e indagini rapide

 

Nell’ambito delle attività di sorveglianza del COVID-19 si è reso necessario monitorare la circolazione di varianti di interesse in sanità pubblica e in rapida diffusione nel nostro Paese. A tal fine in Italia al momento sono disponibili tre fonti informative:

 

1) Le indagini rapide, effettuate a intervalli ripetuti, hanno l’obiettivo di stimare la prevalenza delle varianti VOC (variants of concern - varianti di interesse per la sanità pubblica) di SARS-CoV-2 (esempio variante alfa, beta, gamma, delta) e di altre varianti. Queste indagini sono coordinate dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) con il supporto della Fondazione Bruno Kessler e in collaborazione con il Ministero della Salute, le Regioni e le Provincie Autonome. Le indagini finora effettuate hanno visto la partecipazione di un elevato numero di laboratori distribuiti nella maggior parte delle aree del Paese, e hanno permesso di ottenere risultati relativi alla tipizzazione genomica su un numero significativo di campioni positivi sul territorio italiano.

2) Il Sistema di Sorveglianza Integrata dei casi COVID-19, coordinata dall’ISS, in cui i dati sulle varianti di SARS-CoV-2 di interesse per la sanità pubblica circolanti in Italia sono stati integrati con i dati individuali dei casi positivi al SARS-CoV-2. Nel Sistema di Sorveglianza vengono raccolte le informazioni relative ad alcune varianti di interesse per la sanità pubblica. La lista delle varianti diSARS-CoV-2 sotto sorveglianza viene continuamente aggiornata man mano che vengono riconosciute nuove varianti di interesse denominate variants of concern (VOC), variants of interest (VOI), variants under monitoring (VUM).

3) La Piattaforma di analisi genomica I-Co-Gen (ITALIAN-COVID-19-GENOMIC)

dell’ISS. Una piattaforma a disposizione dei laboratori accreditati in ogni Regione/PA per la raccolta, l’analisi e la condivisione dei dati di caratterizzazione genomica degli isolati di SARS-CoV-2 a supporto della sorveglianza genomica delle varianti virali circolanti a livello regionale e nazionale. La struttura del database è articolata in progetti regionali che costituiscono depositi di dati per ciascuna Regione/PA. La piattaforma accetta dati di sequenziamento genomico e dati di sequenziamento del gene codificante la proteina Spike; esegue analisi automatiche, restituisce i risultati all’utente e contestualmente riversagli stessi in un archivio nazionale, dotato di un sistema di allerta automatico che si attiva al momento dell’identificazione di varianti di interesse per sanità pubblica o di nuove varianti.

 

A livello internazionale, oltre a queste fonti di dati si aggiunge la piattaforma genomica di condivisione internazionale GISAID, che si pone l’obiettivo di fornire un accesso rapido e aperto ai dati sui virus epidemici e pandemici. L'iniziativa GISAID promuove gratuitamente la rapida condivisione dei dati di tutti i virus influenzali e del coronavirus che causa COVID-19. La piattaforma I-Co-Gen è collegata con la piattaforma GISAID.

 

I rapporti periodici

I dati dalle fonti sopra citate, vengono descritti periodicamente dall’Istituto Superiore di Sanità in collaborazione con i laboratori regionali/PA e i Referenti per la sorveglianza Integrata COVID-19 nei rapporti sulle varianti.

Le informazioni presentate nei rapporti derivano dai dati inviati dalle Regioni/PA relativi a una diagnosi di infezione diSARS-CoV-2 (definita come tampone positivo ai sensi della circolare del Ministero della Salute n. 0644 dell’8 gennaio 2021). I dati riportati dalle Regioni/PA sono elaborati dall’ISS integrando i dati microbiologici ed epidemiologici e restituendo la distribuzione nel tempo e nello spazio delle varianti di interesse per la sanità pubblica notificate al Sistema di Sorveglianza Integrata COVID-19 e alcune tra le caratteristiche dei soggetti che hanno contratto una infezione causata da una variante di SARS-CoV-2.

 

I dati analizzati sono in continuo aggiornamento, pertanto le segnalazioni delle varianti, in particolare dell’ultimo mese, devono essere sempre interpretate come provvisorie, in quanto possono subire variazioni e/o essere ulteriormente integrate con report successivi. L’assenza o un numero relativamente basso di casi genotipizzati riportati può essere dovuto sia a una minore percentuale di casi genotipizzati sia a una mancata segnalazione nel Sistema di Sorveglianza Integrata Nazionale COVID-19 da parte della Regione/PA. I dati relativi a casi di infezioni da virus SARS-CoV-2 causati da varianti virali di interesse sanitario, raccolti attraverso il Sistema di Sorveglianza Integrata Nazionale COVID-19, dipendono, oltre che dall’andamento epidemiologico dell’epidemia, dalla percentuale dei casi notificati in cui è stato realizzato un sequenziamento del virus SARS-CoV-2. Il numero di casi genotipizzati aumenta in coincidenza con le indagini rapide di stima di prevalenza realizzate periodicamente a partire dal mese di febbraio 2021.

 

Risorse utili

 

Data di creazione della pagina: 29 luglio 2021

Testo scritto da: Paola Stefanelli - Dipartimento Malattie Infettive, ISS a nome del gruppo del gruppo di lavoro ISS (Luigina Ambrosio, Angela Di Martino, Alessandra Lo Presti, Stefano Morabito, Gabriele Vaccari, Ilaria Di Bartolo, Arnold Knijn, Flavia Riccardo, Daniele Petrone, Matteo Spuri, Antonino Bella, Patrizio Pezzotti) e Fondazione Bruno Kessler (Filippo Trentini, Giorgio Guzzetta, Valentina Marziano, Piero Poletti, Stefano Merler) e Ministero della Salute (Alessia Mammone, Monica Sane Schepisi, Francesco Maraglino).